To Ίδρυμα διοικείται από 5μελές Δ.Σ. του οποίου η θητεία διαρκεί τρία χρόνια. Το παρόν Δ.Σ. εκλέχτηκε στη Γ.Σ. των Ιδρυτικών Μελών στις 30 Ιουνίου 2016 και ανέλαβε τα καθήκοντα του την 1η Ιουλίου.

  • Πρόεδρος, Αθανάσιος Καραθανάσης. Καθηγητής Α.Π.Θ.
  • Αντιπρόεδρος, Γρηγόρης Λιάντας. Επίκ. Καθηγητής, Α.Ε.Α.Θ.
  • Γεν. Γραμματέας, Καλαϊτζής Γεώργιος. Δικηγόρος
  • Ταμίας, Άγγελος Αγγελάκης. Οικονομολόγος
  • Μέλος, Μιχαήλ Φαργκάνης. Δρ. Θεολογίας – Καθηγητής 

Επίτιμοι Πρόεδροι του Ι.Ε.Θ.Π. έχουν οριστεί τιμητικά οι:

  • Η Α.Θ.Π. ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως κ. κ. Βαρθολομαίος
  • Η Α.Μ. ο Αρχιεπίσκοπος Πεκίου, Μητροπολίτης Βελιγραδίου και Καρλοβικίου και Πατριάρχης των Σέρβων κ. Ειρηναίος
  • Η Α.Μ. ο Μητροπολίτης Βαρσοβίας και πάσης Πολωνίας κ. Σάββας
  • Ο Παναγιώτατος Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης κ. Άνθιμος
  • †Ο Μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Βορείου & Νοτίου Αμερικής κ. Ιάκωβος
  • †Ο Μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Σεραφείμ
  • †Ο Μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Χριστόδουλος
  • †Ο Μακαριστός Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης κ. Παντελεήμων